По време на Руско-турската война (1877–187 Казанлък е превземан два пъти от руските войски. След падането на Стара Загора (19 юли 1877) многолюден бежански поток се отправя към Балкана. Когато минават през Казанлък, част от хората се подслоняват в манастира. А сестрите заедно с игумения Екапитолина се присъединяват към бягащите изплашени люде. Има данни, че войските на Сюлейман паша, преследващи бегълците, се настаняват в манастирския двор, като преди това избиват приютилите се там около 340 ранени и болни жени, деца и старци. Временно църквата е превърната в затвор, в който пленени български и руски войници са оковани, измъчвани и избивани. Всички дарения, пристигнали от Русия и другаде, са плячкосани, а стенописите в олтара и иконите – осквернени, като са избодени очите на образите. Според кондиката на манастира при бягството си турците правят опит да опожарят храма. Оттогава стенописите са силно опушени и тяхната красота доскоро бе скрита за очите на миряните.
На 27 декември 1877 г. руските войски освобождават Казанлък и слагат край на поругаването на манастирските светини.
Днес в двора на манастира, пред самата църква има паметник от две колони, обхванати от метален пръстен. На едната пише: "На руските воини и българските опълченци, загинали за Освобождението на България (1877–187", на другата – "В памет на зверски избитите от османските орди 340 беззащитни жени, деца и старци от Казанлък (август 1877 г.)". На обратната страна на паметника, под пръстена, обединяващ двете колони, е гравиран следният куплет: "И няма по-силно, по-свидно богатство, и няма по-верен, по-бащински щит, от българо-руско-съветското братство, изляно от огън и кръв, и гранит!"
В края на декември 1877 г. монахините предоставят на военното командване на Брянско-орловските части двуетажната къща източно от храма за временна военна болница и заедно с руските медицински сестри поемат грижата за ранените и болните. Но на някои от тях съдбата отредила да останат завинаги в манастирския двор. Наред с гробовете на монахини и игуменки са и тези на починали от раните си войници от Пета дружина на Българското опълчение и на много руски офицери и войници. Тук е погребан и ислямизираният англичанин, офицерът от турската армия Леман паша. Според една легенда преди смъртта си, разкаян, дето е изменил на вярата си, той сам пожелал да бъде заровен пред входа на храма, за да го "тъпчат" християните, когато влизат и излизат от църквата. Шест от надгробните паметници са обявени за паметници на културата с регионално значение.
Реставрацията – истинско възраждане на храма
"Днес, 135 години след изписването на храма и почти 130 години след оскверняването му, ние имаме щастието първи да видим и се насладим на стенописите в тяхната първоначална красота и блясък!" – признават с искрена радост големия си професионален шанс Таня Димова и реставраторският й екип – Надежда Донкова и Саша Стойнова. Въпреки икономическите затруднения в страната през 2000 г. група родолюбиви българи създават инициативен комитет, който да организира реставрацията на манастирската църква, а през 2001 г. е изготвен проект, одобрен от Националния институт за паметници на културата, по който вече 3 години работят реставраторите.
"Тъй като стенописите са силно опушени и не се знаеше какво ще излезе под слоя сажди, предварително направихме фотодокументация – със специално осветление снимахме всяка картина в детайли – за да може в случай на разрушаване на част от стенописа при реставрацията тя да бъде възстановена в автентичния си вид – сподели Таня Димова. – Наистина нямахме никаква представа какви ще са цветовете, какъв ще бъде колоритът. И изведнъж под саждите се появиха разкошни сцени – с ярки багри и невероятно красива живопис! Тримата майстори, изписали църквата, не са били школувани, но са се подчинявали на зографския канон, описан в т.нар. иконографски наръчник, и са обхванали невероятно много библейски сцени и личности от историята на християнството. Но в стенописите се усеща и свободата на възрожденския творец, който си позволява свои интерпретации. Нещо повече – като иконография, композиция и разположение на сцените в интериора стенописите могат да бъдат причислени към характерните за късното Възраждане образци. Използвани са похвати, стилистика и идеи, характерни за западноевропейската живопис от онзи период. От запазените документи става ясно, че през Възраждането в България са били внасяни картички с репродукции на италиански, френски и немски майстори, от които българските зографи са били силно повлияни. Например в групата на архангелите, изписани от Георги Данчов, може да бъде разпозната картината "Свободата води народа" на Дьолакроа, което е наистина впечатляващо!"