Както всяка хирургическа намеса, така и обрязването крие рискове, макар и минимални, когато процедурата е извършена от хирург в съответствие с хигиеничните норми. Най-честите усложнения са причинени от следоперативни инфекции и кървене и могат да бъдат катастрофални. Други, по-рядко срещани дълготрайни усложнения, са уринарни фистули, обриви по главичката, некрозия на части от пениса, цисти, разместване или разширяване на отвора на пениса, отстраняване на прекалено много тъкан, резултиращо в секундарна фимоза.
При обрязване в ранна възраст, най-често срещаното усложнение са т. нар. кожени мостове, образувани при неравномерно срастване на главичката с остатъка от кожа по пениса. В такъв случай е необходима повторна намеса. Друго усложнение е стеснението на уретрата, което в САЩ се наблюдава в 10% от случаите.
Различните здравни организации по света дават различен процент на възможните компликации, породени от обрязване — от 0,1% до 55% от случаите. Документирани са редки случаи на загуба на пениса и още по-редки на смърт.