Не няма да се запазят. Трябва да ги започнеш наново. Ти ще правиш чиста преинсталация с форматиране на C, надявам се инак няма голям смисъл. Трябва ти солидна подгововка, малко backup на нещата, които ти трябват, премести ги на Д, външен диск или запиши ги на оптично устройство.