В началото на 2002 година в западноевропейските вестници започна да се пише за това, че шефовете на ЮКОС перат пари. Френските служби задържат Елена Колог-Попова, заради нейните банкови сметки в Швейцария, от където са преминали стотици милиони долари. Тя пък от своя страна обвинила един от собствениците, Алексей Голубов, който я накарал да направи тези сметки.
През февруари 2003 Путин и някои представители на големи компании в Русия бяха обвинени от Ходорковски за корумпираността на компанията Роснефт, привеждайки като пример покупката за сумата от 660 млн. долара на компанията "Северен нефт". В отговор на това Путин от своя страна припомни на Ходорковски за проблемите му с данъците и му зададе въпроса, от къде тогава компанията има "свръхзапаси". Месец по-късно ЮКОС се сляха със Сибнефт. Имаше и преговори за продажбата на контролния пакет акции на ChevronTexaco и ExxonMobil. Въпреки твърденията, че Ходорковски е спонсорирал опозицията в лицето на Яблако, СПС и КПРФ, нито Сергей Митрохин, нито Леонид Гозман, нито Генади Зюганов потвърждават тази информация, като последния дори каза, че Ходорковски лъже.