вторият ти if се намира в първият, т.е ако не въведеш 100, няма как да стигне до него
Код:
#include <iostream.h>
using namespace std;

int main()
{
    int a;
    cout << "Enter your score\n" << endl;
    cin >> a;
    if (a == 100)
    {
           cout << "Wow, you got A\n";
     }

     if (a != 100)
           {
                 cout << "Ohhh sorry bu you didnt got A\n";
                            }
    system("pause");
    return 0;
}
Пробвай така