Влез в скайпа дай там на Profile дето си гледаш профила и натисни копчето за Меню и дай на Settings, там има 1 настройка Sync Contacts или нещо такова дай на нея и дай Don't Sync.
Или пък в контактите дай пак бутона за меню, дай Display Options и махни отметката за скайп. Или пък в настройките за телефона дай на Accounts And Sync и оттам изтрий скайп акаунта.