Файловете се скриват ръчно, така че сигурно щеше да знае, че са скрити.

Възможността е да се е прецакал сектор от диска и затова дори да не разчита файловете.

Отвори Command Prompt и пробвай с CHKDSK D:

Понякога е хубаво да се ползва DOS.